Ces habitats abritent une riche biodiversité, avec 700 espèces d'oiseaux et 200 espèces de mammifères, y compris des animaux rares et en voie de disparition tels que le gorille de montagne. Virunga est le seul parc au monde à abriter trois taxons de grands singes: le gorille des plaines orientales, le gorille de montagne et le chimpanzé.

L'intégrité du parc est menacée depuis des décennies par l'instabilité chronique dans la région. 

Le WWF a développé le projet EcoMakala pour contribuer à la préservation du Parc National des Virunga et de ses environs. Le projet EcoMakala vise à satisfaire les besoins énergétiques des populations rurales autour des Virunga, en produisant du charbon de bois (makala en langue locale swahili) de manière durable.

Le projet EcoMakala a permis de réduire la pression sur les forêts naturelles en plantant des arbres à croissance rapide qui fournissent ainsi aux populations locales une source de combustible alternatif.

Le programme Virunga est également actif dans la mise en œuvre de plans d’utilisation des terres et la gestion des forêts communautaires en collaboration avec d’autres partenaires du WWF

WWF opère également à Itombwe, dans la province du Sud-Kivu.

La Réserve Naturelle d'Itombwe créée en octobre 2006 est un réservoir important pour les espèces en voie de disparition telles que les gorilles des plaines orientales (Gorilla beringei graueri). On y trouve également des forêts de montagne humides (à 3.000 m d'altitude), des forêts de bambous et des salines (malambos), connus pour être des endroits où les animaux sont approvisionnés en minéraux et utilisés comme maternités par certains mammifères.

Depuis la création de la réserve, le projet de conservation du WWF à Itombwe a travaillé avec plusieurs partenaires et avec les communautés locales, pour définir des structures de conservation et de gestion de la forêt.